Le Song of Time représente l'une des mélodies les plus emblématiques et narrativement significatives de toute la saga Zelda. Cette courte composition aux sonorités d'orgue évoque une atmosphère religieuse et hymnique, riche d'histoire et de mystère. Koji Kondo a composé ce thème en utilisant la palette limitée de cinq notes imposée par les contraintes techniques de la Nintendo 64 : Ré, Fa, La, Si et Ré à l'octave supérieure, formant ensemble un accord de Ré mineur 6ème aux sonorités distinctives. Le motif déclencheur suit une structure de triade de Ré mineur inversée qui établit fermement la tonalité, créant cette sensation tangible d'un passé lointain mais accessible, presque à portée de main.

Link apprend le Song of Time dans des circonstances dramatiques qui marquent un tournant décisif dans l'aventure. Après avoir réuni les trois Pierres Spirituelles, le jeune héros se dirige vers le Château d'Hyrule pour retrouver la Princesse Zelda, mais il arrive trop tard : Ganondorf a attaqué le château et assassiné le Roi. Le pont-levis s'abaisse dans la nuit et Impa surgit à cheval, emportant Zelda loin du danger. Dans sa fuite, la princesse jette l'Ocarina du Temps dans les douves du château. Lorsque Link repêche l'instrument sacré, il reçoit une vision télépathique de Zelda qui lui enseigne cette mélodie ancestrale, transmise secrètement au sein de la Famille Royale d'Hyrule de génération en génération.

La fonction première du Song of Time est d'ouvrir la Porte du Temps au sein du Temple du Temps. Combinée aux trois Pierres Spirituelles placées sur l'autel, cette mélodie déverrouille l'accès au Royaume Sacré et au piédestal de l'Épée de Légende. Ironiquement, en accomplissant ce rituel, Link permet involontairement à Ganondorf de s'infiltrer dans le Royaume Sacré et de s'emparer de la Triforce. Au-delà de cette fonction narrative centrale, le Song of Time peut être joué pour déplacer ou faire apparaître les Blocs du Temps, ces mystérieux blocs bleus ornés du symbole de la Porte du Temps que l'on retrouve dans plusieurs donjons. Link peut également jouer cette mélodie pour les grenouilles de la Rivière Zora dans le cadre d'une quête annexe.

Dans Majora's Mask, le Song of Time acquiert une importance encore plus fondamentale puisqu'il devient le mécanisme central permettant de remonter le temps et de recommencer le cycle de trois jours avant que la Lune ne s'écrase sur Termina. Après avoir récupéré l'Ocarina des mains de Skull Kid au sommet de la Tour de l'Horloge, Link a un flashback de Zelda lui enseignant cette mélodie, lui permettant de fuir la catastrophe imminente. Deux variantes secrètes enrichissent ce système : le Song of Time Inversé (joué à l'envers) ralentit l'écoulement du temps à environ 30% de sa vitesse normale sur N64, tandis que le Song of Double Time (chaque note jouée deux fois) avance le temps de douze heures. Ces variations, révélées par l'Épouvantail de Clock Town, ne sont pas affichées dans le menu mais deviennent indispensables pour gérer les contraintes temporelles du jeu.

La mélodie a continué d'apparaître dans la série comme leitmotif associé au Temple du Temps. Dans Twilight Princess, elle accompagne l'entrée dans les ruines du Temple du Temps au Bosquet Sacré et fait partie de la musique du combat contre Zelda possédée. Dans Breath of the Wild, une version extrêmement ralentie au piano, presque réduite à des notes individuelles, crée l'atmosphère mélancolique des ruines du Temple du Temps sur le Plateau du Prélude. Cette déconstruction minimaliste évoque parfaitement l'état de désolation d'Hyrule après le Grand Fléau. Des analyses musicologiques ont même démontré que le thème principal de Breath of the Wild s'inspire directement du Song of Time, réutilisant sa structure mélodique et son altération caractéristique (le Si naturel dans la tonalité de Ré mineur) comme fondation de sa composition.