Le thème du Temple of Time représente l'une des compositions les plus spirituelles et contemplatives de la bande originale d'Ocarina of Time. Koji Kondo a créé une pièce d'une pureté remarquable, caractérisée par une texture monophonique où une simple ligne mélodique non accompagnée résonne dans le silence sacré du temple. Écrit en mode Ré Dorien, ce thème possède une qualité hymnique et quasi religieuse, rappelant les chants grégoriens des cathédrales médiévales. La mélodie du Song of Time est subtilement tissée dans la composition, mais Kondo emploie une technique sophistiquée d'augmentation rythmique : les notes sont doublées en durée, créant un écho qui semble jouer la mélodie au ralenti, renforçant subliminalement le thème principal pour l'auditeur. Les phrases sont de longueur irrégulière, sans métrique conventionnelle, ce qui accentue le caractère intemporel et sacré de l'atmosphère.

Le Temple du Temps est l'un des lieux les plus importants de toute la mythologie Zelda, construit dans les temps anciens par les Sages Ancestraux pour protéger l'entrée du Royaume Sacré. Selon Rauru, le Sage de la Lumière, le temple fut édifié sur les ruines du Temple du Sceau de Skyward Sword, là où reposait autrefois la Triforce. L'entrée vers le Royaume Sacré est scellée par un imposant mur de pierre appelé la Porte du Temps, et pour l'ouvrir, il faut réunir trois conditions : posséder les trois Pierres Spirituelles, détenir l'Ocarina du Temps, et jouer le Song of Time devant l'autel. L'Épée de Légende, fichée dans le Piédestal du Temps derrière la Porte, constitue la clé finale vers le Royaume Sacré, ne pouvant être touchée que par celui digne du titre de Héros du Temps.

Lorsque Link, après avoir réuni les Pierres Spirituelles de la Forêt, du Feu et de l'Eau, pénètre dans le Temple du Temps et place les gemmes sur l'autel avant de jouer le Song of Time, la Porte du Temps s'ouvre majestueusement. En retirant l'Épée de Légende de son piédestal, le jeune héros ouvre involontairement le portail vers le Royaume Sacré. Cependant, étant trop jeune pour manier correctement la lame sacrée, son esprit est scellé pendant sept longues années dans le Temple de la Lumière au cœur du Royaume Sacré. Pendant ce temps, Ganondorf s'infiltre par le portail que Link a ouvert, s'empare de la Triforce et transforme Hyrule en un monde de ténèbres. À son réveil, Rauru explique à Link devenu adulte qu'il doit éveiller les Six Sages pour avoir assez de puissance afin de sceller Ganondorf.

Le Temple du Temps devient alors un point de passage essentiel pour le reste de l'aventure. En replantant l'Épée de Légende dans son piédestal, Link peut voyager sept ans dans le passé et redevenir enfant, puis retourner dans le présent en la retirant à nouveau. Cette mécanique temporelle unique permet de résoudre certaines énigmes nécessitant les capacités des deux époques. C'est également dans le Temple du Temps que Sheik apparaît pour la première fois après l'éveil de Link, lui enseignant le Prélude de la Lumière qui permet de se téléporter instantanément vers ce sanctuaire depuis n'importe où dans Hyrule. À la fin de l'aventure, après la défaite de Ganondorf, Zelda utilise l'Ocarina du Temps pour renvoyer Link dans son enfance afin qu'il puisse vivre les sept années perdues.

Le thème musical est devenu un leitmotif récurrent dans la série, associé au Temple du Temps et à son atmosphère sacrée. Dans Twilight Princess, une version du thème accompagne l'entrée du Bosquet Sacré où se trouvent les ruines du temple, devenu un donjon à part entière avec le Darknut comme mini-boss et Armogohma comme boss. Le thème apparaît également durant le combat contre Zelda possédée par Ganondorf. Dans Breath of the Wild, une déconstruction minimaliste au piano, jouée de manière extrêmement lente avec des notes presque individuelles, accompagne les ruines du Temple du Temps sur le Plateau du Prélude, évoquant mélancoliquement la grandeur passée d'Hyrule avant le Grand Fléau.