Shadow Temple est l'une des compositions les plus dérangeantes du jeu. Koji Kondo utilise des voix synthétiques manipulées de manière inhumaine, des bongos constants faisant référence au boss Bongo Bongo, et des samples africains de la bibliothèque Zero-G. Les voix éthérées de ce thème ont été réutilisées pour remplacer les chants islamiques du Fire Temple dans les versions ultérieures.

Le Temple de l'Ombre, situé sous le Cimetière de Cocorico, servait historiquement de lieu de torture et d'interrogatoire pour les Sheikah, protecteurs de la Famille Royale. Ses murs tachés de sang, guillotines et chaînes témoignent du passé sombre d'Hyrule, un sujet tabou pour la royauté.

Link y accède après que Bongo Bongo s'échappe du Puits et attaque Sheik à Cocorico. Le Monocle de Vérité est essentiel pour voir les murs invisibles, faux sols et ennemis cachés. Le donjon culmine par un voyage en bateau spectral avant l'affrontement contre Bongo Bongo, créature décapitée jouant sur un tambour géant flottant sur un lac de poison.