Flowers Blooming in the Church (教会に咲く花, Kyōkai ni Saku Hana) accompagne les scènes dans l'église abandonnée du Secteur 5 où Cloud rencontre Aerith pour la première fois après sa chute depuis le réacteur. La composition repose sur un dialogue délicat entre flûte et clarinette soutenu par un vibraphone cristallin, créant une atmosphère de sérénité au milieu des taudis de Midgar. Ce morceau est un arrangement du célèbre Aerith's Theme, partageant sa mélodie principale dans un habillage plus intime.

Le thème accompagne également les visites chez Aerith dans sa maison du Secteur 5, renforçant le lien entre le personnage et ces lieux où les fleurs parviennent miraculeusement à pousser malgré l'énergie Mako qui appauvrit les sols. L'église, où un prototype de fusée Shinra s'est écrasé, est devenue le sanctuaire personnel d'Aerith et un symbole d'espoir dans les bas-fonds.

Flowers Blooming in the Church figure en piste 12 du disque 1 de la bande originale de Final Fantasy VII. Le morceau a été réarrangé pour Final Fantasy VII Remake avec une orchestration enrichie, et Crisis Core propose sa propre version intitulée "Burden to Bear". Le thème apparaît également dans Theatrhythm Final Fantasy Curtain Call et Ever Crisis.