Rocket Hideout (ロケット団アジト, Roketto-dan Ajito) est l'un des morceaux les plus distinctifs de la bande-son originale, et constitue une curiosité technique unique : c'est le seul thème de Pokémon Rouge, Bleu et Jaune à utiliser l'effet stéréo dans ses premières notes, alors que toutes les autres compositions du jeu sont en mono. Junichi Masuda a composé cette mélodie avec des sonorités sourdes et basses qui créent une atmosphère de conspiration et de danger souterrain, parfaitement adaptée à l'ambiance d'un repaire criminel secret. Le tempo rapide maintient la tension tandis que le joueur navigue dans les profondeurs de la base ennemie.

Ce thème résonne principalement dans la Planque de la Team Rocket, un complexe souterrain de quatre étages accessible depuis le Casino Rocket de Céladopole en actionnant un interrupteur caché derrière un poster gardé par un Sbire. Cette base secrète introduit pour la première fois les tuiles de rotation (spin tiles), des cases fléchées qui propulsent le joueur dans une direction jusqu'à ce qu'il atteigne une case d'arrêt, créant ainsi un labyrinthe complexe sur les sous-sols B2 et B3. Le joueur doit récupérer la Clé de l'Ascenseur au B4 pour accéder au bureau de Giovanni, le mystérieux chef de la Team Rocket qui possède le Scope Sylphe nécessaire pour identifier le fantôme de la Tour Pokémon à Lavanville.

Au-delà de la Planque Rocket, ce thème accompagne également l'exploration de la Centrale électrique désaffectée où sommeille Électhor, la salle d'Aldo au Conseil des 4, et la Grotte Azurée (Cerulean Cave) où se cache Mewtwo. Ce choix musical relie symboliquement ces lieux par une atmosphère commune de danger latent et d'installations industrielles ou secrètes. La Centrale abandonnée regorge de Pokémon Électrik sauvages comme Magnéti et Voltorbe, tandis que la Grotte Azurée, accessible uniquement après avoir vaincu la Ligue, représente le défi ultime du jeu avec ses Pokémon de haut niveau et le légendaire clone génétique au niveau 70.