Ce thème monumental accompagne exclusivement le combat final contre Bowser dans Bowser in the Sky, le dernier niveau du jeu accessible après avoir collecté 70 étoiles (80 dans la version DS). Contrairement aux deux premiers affrontements qui utilisent "Bowser's Theme", ce combat décisif bénéficie de sa propre composition unique. L'arène circulaire flottant dans le ciel oblige Mario à projeter Bowser sur les mines environnantes à trois reprises, tandis que le Roi des Koopas détruit progressivement la plateforme jusqu'à lui donner la forme d'une étoile, rendant chaque lancer plus périlleux.

La composition est dominée par un orgue d'église imposant qui incorpore les quatre premières notes de "Bowser's Theme" comme leitmotiv. Cette sonorité d'orgue évoque délibérément l'atmosphère des cathédrales gothiques et confère au morceau une dimension quasi-religieuse, comme si Mario affrontait une force maléfique dans un lieu sacré. Selon l'analyse de Hooktheory, le thème présente une complexité supérieure à la moyenne en termes de progression d'accords, de mélodie, de tension accord-mélodie et de nouveauté harmonique. Le titre original sur l'album de 1996 était "Ultimate Koopa", corrigé en "The Final Battle" dans l'application Nintendo Music en 2024.

Ce thème reste exclusif à Super Mario 64 et ses portages directs (Super Mario 64 DS en 2004 et Super Mario 3D All-Stars en 2020). Contrairement à "Bowser's Theme" et "Bowser's Road" qui ont été réarrangés dans de nombreux jeux Nintendo, "The Final Battle" n'a jamais reçu d'arrangement officiel dans d'autres titres, préservant ainsi son caractère unique et son association exclusive avec ce moment culminant de l'aventure. La victoire de Mario sur Bowser déclenche ensuite "Ultimate Koopa Clear" (rebaptisé "Final Battle Clear"), un court jingle de triomphe marquant la fin du combat.