Boss Battle retentit pour la première fois lorsque Link affronte la Reine Gohma au cœur de l'Arbre Mojo, marquant le début d'une longue série de confrontations épiques. Ce thème accompagne la majorité des boss du jeu, de l'Arachnide Parasitaire jusqu'à Bongo Bongo en passant par Barinade, Ganon Spectral et Morpha. Seuls King Dodongo et Volcania bénéficient d'un thème distinct, le "Dinosaur Boss Battle", réservé aux créatures liées au feu et à la Montagne de la Mort.

Koji Kondo a composé un morceau délibérément intense et chaotique, décrit par certains critiques comme une cacophonie bombastique et bruyante. Les percussions martelantes, les cuivres agressifs et les cordes stridentes créent une tension constante qui maintient le joueur sur le fil du rasoir. Cette approche sonore peut sembler abrasive à la première écoute hors contexte, mais s'avère parfaitement adaptée aux combats qu'elle accompagne. L'urgence musicale reflète la pression ressentie face à ces créatures monstrueuses aux attaques dévastatrices.

Le thème illustre la philosophie de Kondo pour les musiques de combat d'Ocarina of Time : privilégier l'efficacité fonctionnelle sur l'agrément mélodique. Contrairement aux thèmes de boss plus tardifs de la série qui développeront des identités musicales distinctes pour chaque adversaire, ce Boss Battle unifie la majorité des confrontations sous une même bannière sonore. Cette approche renforce le sentiment que chaque boss représente une extension de la même menace qui pèse sur Hyrule. La victoire contre ces créatures déclenche le thème Boss Clear, un bref fanfare triomphal qui offre un soulagement bienvenu après l'intensité du combat, avant l'apparition du précieux Réceptacle de Cœur.