Inside the Deku Tree accompagne le tout premier donjon d'Ocarina of Time, établissant d'emblée une nouvelle direction musicale pour la série. À l'intérieur du Vénérable Arbre Mojo, gardien mourant de la Forêt Kokiri, Link affronte pour la première fois les forces du mal dans une ambiance sonore radicalement différente des thèmes mélodiques traditionnels de Zelda. Koji Kondo a volontairement abandonné les compositions entraînantes des précédents opus pour créer une musique atmosphérique et ambiante, presque dépourvue de mélodie reconnaissable.

Pour construire ce paysage sonore unique, Kondo a utilisé des samples issus de bibliothèques professionnelles, notamment le sample "ENIGMATIC" de Spectrasonics Distorted Reality 1, une flûte ethnique qu'il a transposée vers les graves. Ces textures sonores évoquent des courants d'air traversant les cavités du tronc creux, créant une impression d'espace organique vivant. Les synthétiseurs produisent des nappes brumeuses qui se fondent avec des sons naturels étirés, installant une atmosphère à la fois mystérieuse et inquiétante. Cette approche, qui confine parfois au Nine Inch Nails ou au Burial selon certains critiques, marquait une rupture audacieuse avec les conventions du jeu vidéo de l'époque.

Le choix de cette musique ambient n'est pas anodin : le donjon lui-même raconte une histoire de corruption et de déclin. Sous l'apparence verdoyante d'un intérieur d'arbre se cachent toiles d'araignées, parasites et créatures maléfiques. La Reine Gohma, boss emblématique dont l'introduction terrifiante exploite brillamment la troisième dimension en surgissant du plafond, incarne cette infestation que la musique suggère subtilement. Ce premier donjon établit ainsi le modèle des thèmes de donjons d'Ocarina of Time : des compositions atmosphériques et dérangeantes qui contrastent avec les mélodies joyeuses de l'overworld, créant une dichotomie sonore qui deviendra signature de la série en 3D.