Stolen Materia (マテリアいただき, Materia Itadaki, lit. "Matéria Récupérée") est une variation sournoise du thème de Yuffie "Descendant of Shinobi", transposée en mi mineur pour lui donner une couleur plus furtive et espiègle. Là où le thème principal de Yuffie est joueur et attachant, cette version adopte des sonorités plus sinistres et conspiratrices, parfaitement adaptées aux moments où la jeune ninja révèle son côté le moins recommandable. Le morceau utilise des notes staccato et des passages plus sombres pour évoquer la duplicité.

Ce thème accompagne l'une des quêtes secondaires les plus mémorables et frustrantes du jeu. Lorsque le groupe approche du continent de Wutai avec Yuffie dans l'équipe, celle-ci profite d'une attaque de soldats Shinra pour s'enfuir avec TOUTES les Matérias du groupe. Le joueur se retrouve alors complètement démuni, forcé de combattre sans magie jusqu'à ce qu'il récupère son bien. La musique joue à chaque moment clé de la trahison : l'arrivée à Wutai, la réalisation du vol, le piège de la cage dans le sous-sol de la maison de Yuffie, et même à la fin de la quête de la Pagode quand Yuffie et son père Godo complotent brièvement pour voler à nouveau les Matérias.

La quête de récupération des Matérias est devenue légendaire pour sa difficulté inattendue. Sans Matérias, le joueur doit compter uniquement sur les attaques physiques, les objets et les Limit Breaks. Le boss final de la quête, Rapps, sur les statues de Da-Chao, a frustré de nombreux joueurs au point que certains ont recommencé leur partie depuis le début. C'est un avertissement célèbre : ne jamais sauvegarder à Wutai sans être certain de pouvoir terminer la quête. Cette mésaventure révèle cependant la vraie motivation de Yuffie : récupérer des Matérias pour restaurer la gloire de Wutai, vaincue par la Shinra.