Secret of the Deep Sea (深海に眠る秘密, Shinkai ni Nemuru Himitsu?, littéralement "Un secret dormant dans les profondeurs") est une composition atmosphérique envoûtante qui accompagne l'exploration sous-marine à bord du sous-marin Shinra. Le morceau mêle nappes synthétiques ondulantes, textures aquatiques et mélodies flottantes qui évoquent parfaitement la sensation d'immersion dans un monde silencieux et inconnu. L'ambiance à la fois paisible et légèrement inquiétante reflète les mystères enfouis dans les profondeurs océaniques de Gaïa.

Le groupe acquiert le sous-marin lors de la mission "Clash in the Deep Sea" au Réacteur Sous-marin de Junon, où la Shinra tente de s'emparer d'une Huge Materia pour leur plan de destruction de Meteor. Après un combat contre Carry Armor et une poursuite en torpilles contre le sous-marin rouge ennemi, Cloud et ses compagnons obtiennent ce véhicule qui ouvre l'accès aux fonds marins. Ces profondeurs recèlent des trésors essentiels : la Huge Materia récupérable sur l'épave du sous-marin ennemi, et surtout la Clé des Anciens (Key to Ancients) cachée dans un tunnel sous-marin près du continent nord, indispensable pour découvrir le secret d'Aeris dans la Capitale Oubliée.

Les abysses abritent également des dangers et des récompenses considérables. Emerald Weapon, le superboss aquatique aux 1 000 000 de points de vie, rôde dans les eaux profondes près de Junon, imposant un combat sous limite de temps de vingt minutes sans l'Underwater Materia. Le Gelnika, avion cargo de la Shinra englouti près de Costa del Sol, constitue un donjon optionnel regorgeant d'équipements rares comme le Conformer de Yuffie et le manuel Highwind de Cid, ainsi que d'ennemis redoutables pour le farming de stats. La Grotte de Lucrecia, accessible via un tunnel sous-marin menant à une cascade, permet à Vincent d'obtenir son arme ultime Death Penalty et sa Limite finale Chaos.