Silph Co. (シルフカンパニー, Shirufu Kanpanī) se distingue comme l'un des morceaux les plus atypiques de la bande-son originale : c'est probablement le seul thème du jeu qui commence dans un tempo lent avant de progressivement monter en intensité. Junichi Masuda a créé cette composition pour accompagner l'infiltration d'un bâtiment de onze étages envahi par la Team Rocket, transmettant un sentiment de chaos organisé et de tension croissante. Cette progression musicale inhabituelle reflète parfaitement l'escalade du danger à mesure que le joueur s'enfonce dans le labyrinthe de téléporteurs et de portes verrouillées qui protège le bureau du président.

La Sylphe S.A.R.L. représente le cœur économique et technologique de Kanto, fabricant majeur de Poké Balls, Potions et CT distribuées dans tous les Pokéshops de la région. L'entreprise développe également des prototypes révolutionnaires comme le Scope Sylphe et la Master Ball, cette dernière étant l'objet de la convoitise de Giovanni. Le bâtiment de onze étages constitue un véritable dédale où le joueur doit récupérer la Carte Magnétique au cinquième étage pour déverrouiller les portes électroniques, affronter son Rival Blue au septième étage où un employé reconnaissant offre un Lokhlass, et finalement vaincre Giovanni au onzième pour libérer le président et recevoir l'unique Master Ball du jeu.

L'atmosphère créée par ce thème est souvent décrite comme "effrayante, chaotique et totalement géniale" par les fans. Contrairement au thème de la Planque Rocket qui établit une tension sourde et constante, Silph Co. évolue musicalement, créant une sensation d'urgence grandissante parfaitement adaptée à la structure narrative du donjon. Les accords dissonants et le rythme qui s'accélère capturent l'essence d'une entreprise sous occupation hostile, où chaque étage franchi rapproche le joueur de la confrontation finale avec le chef de la Team Rocket. Cette utilisation exclusive pour le siège social de la Sylphe renforce l'identité unique de ce lieu comme le point culminant de l'arc narratif de la Team Rocket avant le Plateau Indigo.