Water Temple est une composition atmosphérique inspirée des traditions musicales asiatiques. Koji Kondo utilise des gammes pentatoniques chinoises, un angklung évoquant des gouttes d'eau, des carillons cristallins de l'Ice Cavern et des chœurs éthérés du Domaine Zora. IGN a comparé certaines pièces de la bande-son au travail de Philip Glass.

Le Temple de l'Eau, situé sous le Lac Hylia, est tristement célèbre pour sa difficulté de navigation. Le directeur Eiji Aonuma, inspiré par sa passion pour la plongée, a créé ce donjon basé sur la manipulation des niveaux d'eau via trois symboles Triforce. Le changement constant des Bottes de Plomb rendait l'exploration frustrante, poussant Aonuma à s'excuser et à simplifier le temple dans la version 3DS.

Link y retrouve la Princesse Ruto adulte, qui lui rappelle leurs "fiançailles". Le donjon culmine avec l'affrontement contre Dark Link dans une salle d'illusion, puis le boss Morpha, une amibe contrôlant l'eau du lac. La victoire restaure le Lac Hylia et éveille Ruto comme Sage de l'Eau.