Ce thème accompagne les deux niveaux aquatiques du jeu : Dire, Dire Docks (le neuvième niveau) et Jolly Roger Bay (le troisième niveau). Dans Dire, Dire Docks, Mario plonge dans les profondeurs d'un dock sous-marin où se cache le sous-marin de Bowser, passage obligatoire pour débloquer l'accès à Bowser in the Fire Sea. La musique crée une atmosphère à la fois sereine et mystérieuse tandis que le joueur explore les tunnels aquatiques et affronte requins et tourbillons.

Koji Kondo utilise le preset "Crystal Rhodes" du synthétiseur Roland JD-990 pour créer cette sonorité de piano électrique cristalline et scintillante. La composition en Sol mixolydien mélange nappes de cordes éthérées, piano ambient et percussions délicates, évoquant l'apesanteur des profondeurs marines. Cette pièce New Age figure parmi les compositions les plus apaisantes de l'ère Nintendo 64, rivalisant avec Aquatic Ambience de Donkey Kong Country.

Le thème fut l'une des premières expériences Nintendo de musique dynamique : dans Jolly Roger Bay, les cordes ne s'ajoutent que lorsque Mario entre dans l'eau, permettant à l'introduction de toujours sonner sans accompagnement puisque le joueur commence sur terre. Cette technique interactive sera perfectionnée dans The Legend of Zelda: Ocarina of Time, développé simultanément.