Ce thème accompagne Big Boo's Haunt, le cinquième niveau du jeu accessible uniquement depuis la cour du château après avoir collecté 12 étoiles (15 dans la version DS). Contrairement aux autres niveaux, Mario n'entre pas par un tableau mais en battant un Big Boo dans la cour pour révéler une cage miniature. En y entrant, Mario rétrécit et explore un manoir hanté sur trois étages rempli de Boos, d'un piano carnivore (le Mad Piano), de chaises possédées et de livres volants. Le niveau possède également un sous-sol avec un mystérieux manège.

Fait unique dans Super Mario 64 : Haunted House est le seul thème de niveau principal qui n'est partagé avec aucun autre niveau du jeu. Cette exclusivité renforce l'atmosphère singulière du manoir, créant une rupture sonore nette avec le reste de l'aventure. La composition utilise des sonorités caractéristiques du genre horrifique : clavecin inquiétant, nappes de synthétiseur lugubres et effets sonores évoquant le vent glacial d'une nuit de pleine lune. Les samples proviennent notamment de la bibliothèque Zero-G.

Le niveau contient également un second thème, "The Merry-Go-Round", qui joue dans la salle du manège au sous-sol. Ce thème du manège a connu de nombreuses réutilisations : dans les mini-jeux de Super Mario 64 DS (Lakitu Launch, Bingo Ball, Slots Shot), dans New Super Mario Bros., dans Mario Strikers Charged (thème de Boo lors d'un but), et même dans Mario Kart 8 près de la zone Aqua Cups du circuit Water Park.