Ce thème de boss intense accompagne l'affrontement contre Mecha-Bowser dans l'épisode 1 de Pinna Park. Mecha-Bowser est un robot géant à l'effigie de Bowser, piloté par Bowser Jr. depuis son cockpit. Inspiré par Mechagodzilla, ce boss mécanique émerge spectaculairement d'un bassin au centre du parc d'attractions, forçant Mario à l'affronter à bord des montagnes russes du parc.

Le combat se déroule de manière cinématique : Mario parcourt le circuit des montagnes russes tout en collectant des roquettes à eau qu'il tire avec FLUDD sur le robot géant. Mecha-Bowser riposte en lançant des Bullet Bills et en crachant des flammes sur les rails. Cette séquence unique dans le jeu combine action et course dans un décor de parc d'attractions, créant l'un des moments les plus mémorables de Super Mario Sunshine.

Après la défaite du robot, une cinématique révèle l'identité de Shadow Mario : il s'agit de Bowser Jr., qui croit que la Princesse Peach est sa mère car son père lui a menti. Ce twist narratif marque un tournant dans l'histoire du jeu et introduit officiellement le fils de Bowser dans la franchise Mario.